特許でクレームされる構造とは？- 特許文献解析へのMMP変換の応用例

特許文献に見る医薬化学的変換

新薬の設計と最適化には、創造性と知識の両方が必要です。Matched Molecular Pairs法の使用は、このプロセスをサポートする方法の1つです。 一般的にMMPは、薬物分子の構造変化と、それに対応するアッセイ結果の変化量を結びつけるために用いられます（図1）。

図１

MMP法を用いて、特許データベースSureCHEMBLに掲載されている合成可能な変換をすべて抽出しました。 その結果、最適化パラメータに関係なく、医薬化学者が特定の変換をどれだけ頻繁に使用しているかを概観することができます（表1）。

SureChEMBLは、特許文献の全文、画像、添付ファイルから抽出された化合物を含む、一般に公開されている大規模なリソースです。 データは、自動化されたテキストと画像マイニングパイプラインに従って特許文献から抽出され、毎日更新されています。

社内化合物ライブラリや外部データベースから化学構造を検索、フィルタリング、解析し、Design HUBを使用してMMP設計に組み込みます。

➡Design Hubの詳細

表 1.抽出された変換の背後にあるデータ

図 2. SureCHEMBL から抽出した、小分子創薬プロジェクトにおける上位 300 の変換 (青色のバー) からの出現数と選択されたいくつかの例 (オレンジ色のバー)

特許文献の MMP 変換の使用例

SureCHEMBL の MMP 変換は、シード化合物の類似体を作成するためにさまざまな方法で活用できます。

1. 最も一般的な変換 [2] に基づいて、 プロジェクト内で作成されることが「期待される」化合物の自動作成 - これらは忘れないようにします
2. 最も一般的ではない変換に基づく:「予期しない」類似体の作成 - 医薬品化学者がすぐに思いつくような化合物ではないが、新規化合物を作成する可能性が高まる化合物

これらの類似体は、合成用に選択する前に、追加の仮想スクリーニング カスケードを通じてフィルタリングできます (図 3)。

図 3.デザイン セットの作成に SureCHEMBL MMP 変換を適用するワークフローの例

SureCHEMBL から最も一般的な 500 の変換をダウンロード

Posted by András Strácz, Chemaxon on 26 04 2023

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*1:[1] Hussain and Rea, Journal of Chemical Information and Modeling 2010 50 (3), 339-348