パトコアの技術ブログ

化学情報管理・創薬支援のためのケモインフォマティクス製品を扱うパトコアです。本ブログは技術チームにより運営されており、各種ツールを使うとどんなことができるの?という観点から、技術情報をお届けします。

パトコアの技術ブログ

ペプチドの配列情報を使ったSAR解析

Patcore, Inc. 創薬研究の現場において、低分子化合物をターゲットとした研究開発以外にも、ペプチド・核酸・抗体(抗体薬物複合体)などの新たなモダリティに対する関心が高まっています。それらバイオポリマーに関する情報は配列として保存され、ケモイン…

各種化学計算がMarvinで可能になりました!

Patcore, Inc. 2021年の1QにMarvin Sketchのアップデートがあり、Marvin Sketch上で各種化学計算を行えるようになりました。これまでCalculator Pluginsのライセンスを持っていないと正規版として利用できなかったのですが、その制限がなくなったため、Marvi…

構造検索の種類

Yuichiro Abe 既知有機化合物の数が1880 年から1960 年にかけて約12,000 化合物から100 万化合物に急増したように、有機化学は20 世紀に急速に発展しました。今日では、ハイスループットスクリーニングやコンビナトリアルケミストリーなどの新たな手法を用い…

JavaScriptで動く化学構造式描画ツール

Patcore, Inc. 化学構造式を描画するツールとして、技術ブログ第一回でデスクトップアプリケーションであるMarvinSketchを紹介しました。今回はWebブラウザで動くMarvin JSについての記事となります。 Webブラウザ上で動くMarvin JSは、多くのウェブアプリケ…

誘導体の構造を生成する

Patcore, Inc. 構造活性相関(QSAR・QSPR)の分析を行う上で、主骨格が決まっているが、側鎖の結合位置や種類を変えた多数の構造が欲しい、と思うことがあるかもしれません。また、単に化学的に妥当であるランダムなケミカルスペースがモデルとして必要とな…

分子構造の表記方法

Yuichiro Abe パトコア技術チームの安倍と申します。普段はプリセールス寄りのお仕事をしています。 技術ブログができたということで、せっかくなので年末の休暇中に読んだ面白い論本について、(だいぶ時間が経ちましたが。。)記事にしたいと思います。分…

化合物データベースを作成する(JChemBase編)

Patcore, Inc. 数百万の化合物構造と構造情報に紐づくデータを安定して管理する方法としてリレーショナルデータベース(以下DB)が広く用いられています。今回は、そのDBのバックエンドで動作し、構造検索などの化学に特化した機能を利用できるようにするJCh…

化合物データベースを作成する(Excel編)

Patcore, Inc. 化学構造情報と物性値・アッセイデータ・スペクトルデータなどを紐づけたデータベースは多数存在しており、公的・私的な様々な目的で利用されています。特に製薬企業では保有する化合物データベースはR&Dの要であり、数百万もの化合物情報が情…

化合物設計プラットフォームのプラグインについて

Patcore, Inc. ChemAxon社は化合物検索エンジンや化学構造形式変換・名前変換サービスなど、ケモインフォマティクスに関する多くの要素技術を持っています。これらのツールは単体の機能として使われることを想定しており、モジュールとして利用や、コマンド…

ケモインフォマティクスツールのコンソールからの利用

Patcore, Inc. 前回の投稿ではGUIで操作する化学構造描画ツールの紹介をしました。GUIでの操作は直感的でわかりやすく、人間にとって親切なインターフェースを提供してくれます。一方で、数百-数千の化学情報を一度に変換したい、バッチ処理をしたい、他のツ…

化学構造式描画ツール

Patcore, Inc. 技術ブログ第一回目では、化学構造式描画ツールについて紹介します。 海外の方々とコミュニケーションをとる際には、言葉の壁が存在します。文化による表現の違いや、微妙なニュアンスの違いにより、苦労された経験がないでしょうか。 化学の…

パトコア技術ブログはじめました

Patcore, Inc. はじめまして。 創薬支援・化学物質管理のためのケモインフォマティクス製品群を取り扱うパトコア株式会社です。「研究者をハッピーにする!」という理念の基、海外のケモインフォマティクス製品の導入支援や、自社開発・受託開発のシステム提…