Patcore, Inc. ADMEデータによる予測モデリング 医薬品候補の2つに1つは有効性が不十分であるために臨床試験段階で失敗し、5つに2つは毒性が原因で失敗したことがあると言われています。*1*2 規制当局や研究者は、薬理特性に加えて、吸収（Absorption）・分…
CROとの協業時の重要な要素 薬剤探索会社がディスカバリー・プロセスの一部を契約研究機関（CRO）に委託することは、ますます一般的になっています。 これにより、プロジェクトリーダーには社内および外部の活動を追跡する必要があります。データや進行中の…
物理化学的特性は、薬物設計における重要な記述子です 親油性、pKa、および溶解度は、薬物設計において重要な記述子です。これらの特性は、薬物の薬物動態学的な曝露（ADME）と薬力学的な応答（標的および非標的への効果）の両方においての重要性が、文献で…
最も成功するためには、どのようなタイプのモデルを構築すべきか 明白な答えは、前向きに予測できるすべてのモデルです。また、特性が改善された新規化合物の設計を容易にするために、モデルが解釈可能であれば、非常に価値があります。 もう一つの重要なパ…
科学的仮説の創出 科学的仮説は、新薬の設計・開発において中心的な役割を果たします。厳密な仮説は、既存のデータを系統的に分析することで構築され、分子の化学構造と生物活性の関係を理解するための予測的な枠組みとして機能します。仮説は、新薬の設計や…
pKa予測ツールの精度を創薬セットで評価した結果、RMSEは1.11、ピアソン相関係数は0.88となりました。また、希少元素、多成分構造、4級窒素原子を含むデータセットで溶解度予測ツールを評価した結果、RMSEは1.16、ピアソン相関係数は0.84を達成しました。適…
特許文献に見る医薬化学的変換 新薬の設計と最適化には、創造性と知識の両方が必要です。Matched Molecular Pairs法の使用は、このプロセスをサポートする方法の1つです。 一般的にMMPは、薬物分子の構造変化と、それに対応するアッセイ結果の変化量を結びつ…
臨床薬理学者は、医薬品開発が複雑で時間のかかる活動であることを理解しています。目標は野心的で、病気を治したり症状を和らげたりする薬を開発したり、リポジショニングにより再利用したりすることです。しかし、その成功率は低い。医薬品開発の旅は、そ…
Patcore, Inc. Ákos Tarcsay, Calculators製品マネージャー, Wendy Warr氏（Wendy Warr & Associates Home Page）による、2022年Chemaxonユーザー会レポートより ※Trainer Engineの詳細はこちらをご参照ください。 機械学習（ML）のライフサイクルは、データ…
Patcore, Inc. AI/MLを用いた製薬では、データの品質が重要です。予測モデルはデータに依存し、データが良ければ良いほど、予測精度は高くなります。 GOSTARは、アルゴリズムの学習、モデルの設計、結果の検証のために、高品質で一貫した構造、包括的な注釈…
Patcore, Inc. 今回は、ChemaxonのMarvin Sketchのダウンロード方法について、解説します。 この記事をきっかけに、これからMarvin Sketchをご利用いただくお客様のお手伝いができればいいなと思います。 Mavin Sketchについて ダウンロード方法 サイトから…
構造活性相関データ（構造式VS活性などの特性データ）は創薬研究において、ドラッグデザインやパテンタビリティーの調査、AI/MLモデルの構築などに不可欠です。 過去に広く研究されたターゲットや適応症については、使用できる既存のデータが大量に存在しま…
icon by twemoji / CC-BY Yuichiro Abe 分子が似ているということは性質も似ている可能性が高く、創薬研究の場合ではリード化合物の最適化、ケミカルスペースの探索等の用途に類似構造検索によるスクリーニングが欠かせないツールとなっています。一般的に構…
Patcore, Inc. 非プログラマーがデータ処理を行う上で便利なツールとしてワークフローツールがあります。有名なものはKNIMEとPipeline Pilotです。この内KNIMEについては無償のオープンソースソフトウェアとして提供されており、気軽に使える点が便利ですね。…
Patcore, Inc. 化合物のライブラリーサイズが増加していることに伴い、類似の性質・構造を持つ化合物群に分類する手法が発達してきました。化学構造のフィンガープリントを使った構造類似度に基づく分類法（ウォード法、k平均法）や、部位構造に着目した分類…
Yuichiro Abe 創薬研究開発の過程では不斉中心を持つ化合物が多く合成されるため、立体異性体（ステレオアイソマー）の化合物情報を管理するための表記方法、構造検索のオプションが用意されています。立体異性体は化学的にいくつかの種類があり、システム上…
Patcore, Inc. 創薬研究の現場において、低分子化合物をターゲットとした研究開発以外にも、ペプチド・核酸・抗体（抗体薬物複合体）などの新たなモダリティに対する関心が高まっています。それらバイオポリマーに関する情報は配列として保存され、ケモイン…
Patcore, Inc. 2021年の1QにMarvin Sketchのアップデートがあり、Marvin Sketch上で各種化学計算を行えるようになりました。これまでCalculator Pluginsのライセンスを持っていないと正規版として利用できなかったのですが、その制限がなくなったため、Marvi…
Yuichiro Abe 既知有機化合物の数が1880 年から1960 年にかけて約12,000 化合物から100 万化合物に急増したように、有機化学は20 世紀に急速に発展しました。今日では、ハイスループットスクリーニングやコンビナトリアルケミストリーなどの新たな手法を用い…
Patcore, Inc. 化学構造式を描画するツールとして、技術ブログ第一回でデスクトップアプリケーションであるMarvinSketchを紹介しました。今回はWebブラウザで動くMarvin JSについての記事となります。 Webブラウザ上で動くMarvin JSは、多くのウェブアプリケ…
Patcore, Inc. 構造活性相関（QSAR・QSPR）の分析を行う上で、主骨格が決まっているが、側鎖の結合位置や種類を変えた多数の構造が欲しい、と思うことがあるかもしれません。また、単に化学的に妥当であるランダムなケミカルスペースがモデルとして必要とな…
Yuichiro Abe パトコア技術チームの安倍と申します。普段はプリセールス寄りのお仕事をしています。 技術ブログができたということで、せっかくなので年末の休暇中に読んだ面白い論本について、（だいぶ時間が経ちましたが。。）記事にしたいと思います。分…
Patcore, Inc. 数百万の化合物構造と構造情報に紐づくデータを安定して管理する方法としてリレーショナルデータベース（以下DB）が広く用いられています。今回は、そのDBのバックエンドで動作し、構造検索などの化学に特化した機能を利用できるようにするJCh…
Patcore, Inc. 化学構造情報と物性値・アッセイデータ・スペクトルデータなどを紐づけたデータベースは多数存在しており、公的・私的な様々な目的で利用されています。特に製薬企業では保有する化合物データベースはR&Dの要であり、数百万もの化合物情報が情…
Patcore, Inc. ChemAxon社は化合物検索エンジンや化学構造形式変換・名前変換サービスなど、ケモインフォマティクスに関する多くの要素技術を持っています。これらのツールは単体の機能として使われることを想定しており、モジュールとして利用や、コマンド…
Patcore, Inc. 前回の投稿ではGUIで操作する化学構造描画ツールの紹介をしました。GUIでの操作は直感的でわかりやすく、人間にとって親切なインターフェースを提供してくれます。一方で、数百-数千の化学情報を一度に変換したい、バッチ処理をしたい、他のツ…
Patcore, Inc. 技術ブログ第一回目では、化学構造式描画ツールについて紹介します。 海外の方々とコミュニケーションをとる際には、言葉の壁が存在します。文化による表現の違いや、微妙なニュアンスの違いにより、苦労された経験がないでしょうか。 化学の…
Patcore, Inc. はじめまして。 創薬支援・化学物質管理のためのケモインフォマティクス製品群を取り扱うパトコア株式会社です。「研究者をハッピーにする！」という理念の基、海外のケモインフォマティクス製品の導入支援や、自社開発・受託開発のシステム提…
