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化学情報管理・創薬支援のためのケモインフォマティクス製品を扱うパトコアです。本ブログは技術チームにより運営されており、各種ツールを使うとどんなことができるの?という観点から、技術情報をお届けします。

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パトコアの技術ブログ移転のお知らせ

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理想的なケミカルドローイングツール

化学と化学的アイデアのコミュニケーションと共有は、化学構造図という世界共通の共通言語があることで容易になります。 潜在的な化学構造の数は1060と推定され[1]、興味深いサブセットは、Mcule 1.4x108からeMolecules 7.0x1012までの「オンデマンド・ビッ…

創薬プロジェクトを最適化する「カンバン」とは?

カンバンは日本語で「看板」や「信号」を意味します。1950年代にトヨタ自動車が生産の効率化と品質向上を目指して初めて導入しました。 これはワークフロー管理の視覚的な表現で、アジャイルな環境でよく使われるため、時に「アジャイルタスクボード」とも呼…

関連する特徴のみを使用した自動モデル構築

創薬の各段階で機械学習モデルを活用することにより、より迅速かつ洞察に満ちたデータ主導型の意思決定が可能になります。 モデル生成時には、データセットに対して利用可能な全ての記述子が生成されるのが一般的ですが、これらの記述子の重要性は最初からは…

DMTAリード最適化: 科学とプロジェクト管理の統合

理論上、生成が可能な有望であろう化合物の数は、実際に合成して評価が可能な化合物の数をはるかに上回ります。 これにより、ヒット化合物の同定とリード化合物の最適化は、創薬プロセスにおいて高度に複雑な課題となります。 この複雑さを解消するためには…

ChEMBL vs. GOSTAR -データの多様性と化合物の網羅性

Patcore, Inc. ADMEデータによる予測モデリング 医薬品候補の2つに1つは有効性が不十分であるために臨床試験段階で失敗し、5つに2つは毒性が原因で失敗したことがあると言われています。*1*2 規制当局や研究者は、薬理特性に加えて、吸収(Absorption)・分…

DMTA(Design-Make-Test-Analize)サイクル内のCROとの協業

CROとの協業時の重要な要素 薬剤探索会社がディスカバリー・プロセスの一部を契約研究機関(CRO)に委託することは、ますます一般的になっています。 これにより、プロジェクトリーダーには社内および外部の活動を追跡する必要があります。データや進行中の…

薬物設計における主要な特性 | 親油性、pKa、および溶解度の予測

物理化学的特性は、薬物設計における重要な記述子です 親油性、pKa、および溶解度は、薬物設計において重要な記述子です。これらの特性は、薬物の薬物動態学的な曝露(ADME)と薬力学的な応答(標的および非標的への効果)の両方においての重要性が、文献で…

低分子の物性を予測するためのローカルモデルとグローバルモデル

最も成功するためには、どのようなタイプのモデルを構築すべきか 明白な答えは、前向きに予測できるすべてのモデルです。また、特性が改善された新規化合物の設計を容易にするために、モデルが解釈可能であれば、非常に価値があります。 もう一つの重要なパ…

科学的仮説の構築-化合物の最適化のために

科学的仮説の創出 科学的仮説は、新薬の設計・開発において中心的な役割を果たします。厳密な仮説は、既存のデータを系統的に分析することで構築され、分子の化学構造と生物活性の関係を理解するための予測的な枠組みとして機能します。仮説は、新薬の設計や…

pKaや溶解度の予測値は、現実と比較してどうなのか?

pKa予測ツールの精度を創薬セットで評価した結果、RMSEは1.11、ピアソン相関係数は0.88となりました。また、希少元素、多成分構造、4級窒素原子を含むデータセットで溶解度予測ツールを評価した結果、RMSEは1.16、ピアソン相関係数は0.84を達成しました。適…

特許でクレームされる構造とは?- 特許文献解析へのMMP変換の応用例

特許文献に見る医薬化学的変換 新薬の設計と最適化には、創造性と知識の両方が必要です。Matched Molecular Pairs法の使用は、このプロセスをサポートする方法の1つです。 一般的にMMPは、薬物分子の構造変化と、それに対応するアッセイ結果の変化量を結びつ…

EXCELRA社の臨床薬理スペシャリストの一日

臨床薬理学者は、医薬品開発が複雑で時間のかかる活動であることを理解しています。目標は野心的で、病気を治したり症状を和らげたりする薬を開発したり、リポジショニングにより再利用したりすることです。しかし、その成功率は低い。医薬品開発の旅は、そ…

Trainer Engine : データから予測モデルへの翻訳

Patcore, Inc. Ákos Tarcsay, Calculators製品マネージャー, Wendy Warr氏(Wendy Warr & Associates Home Page)による、2022年Chemaxonユーザー会レポートより ※Trainer Engineの詳細はこちらをご参照ください。 機械学習(ML)のライフサイクルは、データ…

卓越したデータをGOSTARで

Patcore, Inc. AI/MLを用いた製薬では、データの品質が重要です。予測モデルはデータに依存し、データが良ければ良いほど、予測精度は高くなります。 GOSTARは、アルゴリズムの学習、モデルの設計、結果の検証のために、高品質で一貫した構造、包括的な注釈…

Marvin Sketchダウンロード方法(更新:2023/4/13)

Patcore, Inc. 今回は、ChemaxonのMarvin Sketchのダウンロード方法について、解説します。 この記事をきっかけに、これからMarvin Sketchをご利用いただくお客様のお手伝いができればいいなと思います。 Mavin Sketchについて ダウンロード方法 サイトから…

最新の構造活性相関データを迅速に入手するには

構造活性相関データ(構造式VS活性などの特性データ)は創薬研究において、ドラッグデザインやパテンタビリティーの調査、AI/MLモデルの構築などに不可欠です。 過去に広く研究されたターゲットや適応症については、使用できる既存のデータが大量に存在しま…

類似構造検索について

icon by twemoji / CC-BY Yuichiro Abe 分子が似ているということは性質も似ている可能性が高く、創薬研究の場合ではリード化合物の最適化、ケミカルスペースの探索等の用途に類似構造検索によるスクリーニングが欠かせないツールとなっています。一般的に構…

KNIMEでChemAxonノードを使ってみる

Patcore, Inc. 非プログラマーがデータ処理を行う上で便利なツールとしてワークフローツールがあります。有名なものはKNIMEとPipeline Pilotです。この内KNIMEについては無償のオープンソースソフトウェアとして提供されており、気軽に使える点が便利ですね。…

Instant JChemによる化合物のクラスタリングと可視化

Patcore, Inc. 化合物のライブラリーサイズが増加していることに伴い、類似の性質・構造を持つ化合物群に分類する手法が発達してきました。化学構造のフィンガープリントを使った構造類似度に基づく分類法(ウォード法、k平均法)や、部位構造に着目した分類…

ステレオ表記の取り扱い

Yuichiro Abe 創薬研究開発の過程では不斉中心を持つ化合物が多く合成されるため、立体異性体(ステレオアイソマー)の化合物情報を管理するための表記方法、構造検索のオプションが用意されています。立体異性体は化学的にいくつかの種類があり、システム上…

ペプチドの配列情報を使ったSAR解析

Patcore, Inc. 創薬研究の現場において、低分子化合物をターゲットとした研究開発以外にも、ペプチド・核酸・抗体(抗体薬物複合体)などの新たなモダリティに対する関心が高まっています。それらバイオポリマーに関する情報は配列として保存され、ケモイン…

各種化学計算がMarvinで可能になりました!

Patcore, Inc. 2021年の1QにMarvin Sketchのアップデートがあり、Marvin Sketch上で各種化学計算を行えるようになりました。これまでCalculator Pluginsのライセンスを持っていないと正規版として利用できなかったのですが、その制限がなくなったため、Marvi…

構造検索の種類

Yuichiro Abe 既知有機化合物の数が1880 年から1960 年にかけて約12,000 化合物から100 万化合物に急増したように、有機化学は20 世紀に急速に発展しました。今日では、ハイスループットスクリーニングやコンビナトリアルケミストリーなどの新たな手法を用い…

JavaScriptで動く化学構造式描画ツール

Patcore, Inc. 化学構造式を描画するツールとして、技術ブログ第一回でデスクトップアプリケーションであるMarvinSketchを紹介しました。今回はWebブラウザで動くMarvin JSについての記事となります。 Webブラウザ上で動くMarvin JSは、多くのウェブアプリケ…

誘導体の構造を生成する

Patcore, Inc. 構造活性相関(QSAR・QSPR)の分析を行う上で、主骨格が決まっているが、側鎖の結合位置や種類を変えた多数の構造が欲しい、と思うことがあるかもしれません。また、単に化学的に妥当であるランダムなケミカルスペースがモデルとして必要とな…

分子構造の表記方法

Yuichiro Abe パトコア技術チームの安倍と申します。普段はプリセールス寄りのお仕事をしています。 技術ブログができたということで、せっかくなので年末の休暇中に読んだ面白い論本について、(だいぶ時間が経ちましたが。。)記事にしたいと思います。分…

化合物データベースを作成する(JChemBase編)

Patcore, Inc. 数百万の化合物構造と構造情報に紐づくデータを安定して管理する方法としてリレーショナルデータベース(以下DB)が広く用いられています。今回は、そのDBのバックエンドで動作し、構造検索などの化学に特化した機能を利用できるようにするJCh…

化合物データベースを作成する(Excel編)

Patcore, Inc. 化学構造情報と物性値・アッセイデータ・スペクトルデータなどを紐づけたデータベースは多数存在しており、公的・私的な様々な目的で利用されています。特に製薬企業では保有する化合物データベースはR&Dの要であり、数百万もの化合物情報が情…

化合物設計プラットフォームのプラグインについて

Patcore, Inc. ChemAxon社は化合物検索エンジンや化学構造形式変換・名前変換サービスなど、ケモインフォマティクスに関する多くの要素技術を持っています。これらのツールは単体の機能として使われることを想定しており、モジュールとして利用や、コマンド…

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